Systém: Houby - Fungi
Oddělení: chytridiomycety, houby buněnkové - Chytridiomycota
Třída: Chytridiomycetes
Řád: Chytridiales
Rod: rakovinec - Synchytrium
Oddělení: houby spájivé - Zygomycota
Třída: zygomycety - Zygomycetes
Řád: Mucorales
Rod: Mucor
Rhizopus
Třída: trichomycety - Trichomycetes
Oddělení: houby vřeckovýtrusné - Ascomycota
Pododdělení: kvasinky, endomycety - Saccharomycotina (syn. Hemiascomycotina, Endomycetes)
Třída: Saccharomycetes
Řád: kvasinky - Saccharomycetales
Rod: kvasinka - Saccharomyces
Pododdělení: palcatky - Taphrinomycotina
Třída: Taphrinomycetes
Řád: palcatkotvaré - Taphrinales
Rod: palcatka, kadeřavka - Taphrina
Pododdělení: vlastní vřeckovýtrusné houby - Pezizomycotina (syn. Ascomycotina)
Třída: Eurotiomycetes
Řád: plesnivkotvaré - Eurotiales
Rod: Eurotium
Penicillium
Aspergillus
Třída: Leotiomycetes
Řád: padlí - Erysiphales
Rod: padlí - Erysiphe, Uncinula, Podosphaera, Sphaerotheca aj.
Řád: Helotiales
Rod: Monilinia
Botryotinia
Řád: Rhytismatales
Rod: Rhytisma
Třída: Pezizomycetes
Řád: kustřebkotvaré ( včetně lanýžotvaré) - Pezizales (incl. Tuberales)
Rod: smrž - Morchella
kačenka - verpa
bělolanýž - Choiromyces
lanýž - Tuber
ucháč - Gyromitra
Třída: Sordariomycetes
Řád: dřevnatkotvaré - Xylariales
Rod: dřevnatka - Xylaria
Řád: masenkotvaré - Hypocreales (incl. Clavicipitales)
Rod: paličkovice - Claviceps
Giberella
Calonectria
Řád: Ophiostomatales
Rod: ophiostoma
Třída: Lecanoromycetes
Řád: Lecanorales - viz. lišejníky
Rod: pukléřka - Cetraria
dutohlávka - Cladonia
terčovka - Parmelia
větvičník - Evernia
provazovka - Usnea
hávnatka - Peltigera
mapovník - Rhizocarpon aj.
Pomocné oddělení: houby nedokonalé - Deuteromycota (Fungi imperfecti)
Rod: skvrnatička - Cercospora
Candida
Torulopsis
Alternaria
Cladosporium
Septoria
Oddělení: houby stopkovýtrusné - Basidiomycota
Třída: rzi - Urediniomycetes
Řád: rzi - Uredinales
Rod: rez - Puccinia, Uromyces, Cronartium aj.
Třída: sněti - Ustilaginomycetes
Řád: prašné sněti - Ustilaginales
Rod: sněť - Ustilago
Řád: mazlavé sněti - Tilletiales
Rod: mazlavá sněť - Tilletia
Třída: vyšší stopkovýtrusné houby - Agaricomycetes (syn. Basidiomycetes)
Podtřída: Tremellomycetidae
Řád: rosolovkotvaré - Tremellales
Rod: rosolovka - Tremella
černorosol - Exidia
rosolovec - Tremiscus
rosolozub - Pseudohydnum
Řád: ušíčkotvaré - Auriculariales
Rod: boltcovitka - Hirneola, Auricularia
Podtřída: Agaricomycetidae
Řád: liškotvaré - Cantharellales
Rod: liška - Cantharellus
stroček - Craterellus
Řád: chorošotvaré - Polyporales
Rod: sírovec - Laetiporus
troudnatec - Fomitopsis
trsnatec - Grifola
choroš - Polyporus
březovník - Piptoporus
lesklokorka - Ganoderma
Řád: pečárkotvaré - Agaricales
Rod: lysohlávka - Psilocybe
pečárka - Agaricus
muchomůrka - Amanita
hlíva - Pleurotus
bedla - Lepiota
pýchavka - Lycoperdon
prášivka - Bovista
číšenka - Cyathus
Řád: hřibotvaré - Boletales
Rod: hřib - Boletus
kozák - Leccinum
suchohřib - Xerocomus
pestřec - Scleroderma
Řád: Thelephorales
Rod: plesňák - Thelephora
lošák - Sarcodon
Řád: holubinkotvaré - Russulales
Rod: holubinka - Russula
ryzec - Lactarius
pevník - Stereum
Řád: hadovkotvaré - Phallales
Rod: hadovka - Phallus
hvězdovka - Geastrum
kuřátka - Ramaria