Půdní vzorky se odebírají v jarním nebo podzimním období. Jarní odběr začíná 1. února (s ohledem na klimatické a půdní podmínky) a končí podle stavu vegetace nejpozději 31. května. Podzimní odběr začíná 1. července (s ohledem na sklizeň) a končí 30. listopadu kalendářního roku.
Oprávněná osoba zodpovídá za dodržování pracovních postupů po celou dobu odběru, musí být vybavena přístrojem GPS (orientace v terénu, kontrola kvality odběru).
Průměrný vzorek se odebírá vždy z plochy jednotně obhospodařované (stejná plodina). Menší lokality na pozemku s výrazně odlišnými půdními vlastnostmi se z odběru vylučují. Půdní vzorky se odebírají výhradně sondovacími tyčemi, přičemž jeden průměrný vzorek se skládá minimálně ze 30 vpichů. Při odběru je nutno vyloučit přimíchání zeminy z podorničí.
Způsob odběru
konvenční: při konvenčním způsobu odběru se úsek, ze kterého se odebírá vzorek, prochází diagonálně (po úhlopříčce) a jednotlivé vpichy se umisťují v pravidelných vzdálenostech,
mobilní - odběr s pomocí GPS: při mobilním odběru půdních vzorků najede motorové vozidlo do středu vzorkované plochy lokalizované souřadnicovým systémem. Pracovníci provádějící odběr půdních vzorků obcházejí motorové vozidlo a umisťují jednotlivé vpichy tak, aby reprezentovaly vymezenou plochu kruhu. Velikost poloměru kruhu je úměrná velikosti vzorkované plochy a činí pro 3 ha 70 m, pro 5 ha 80 m, pro 7 ha 100 m, pro 10 ha 120 m.
Průměrná plocha na jeden vzorek a hloubka vpichu:
orná půda: průměrná plocha na 1 půdní vzorek činí v bramborářské a pícninářské oblasti 7 ha, v řepařské a kukuřičné oblasti 10 ha. Hloubka vpichu odpovídá mocnosti orničního profilu (max. 30 cm),
trvalé travní porosty: průměrná plocha na 1 půdní vzorek je shodná s ornou půdou. Vzorky se odebírají do hloubky 15 cm s tím, že se drnová vrstva odstraňuje,
chmelnice: jeden průměrný vzorek se odebírá z plochy 3 ha. U samostatných na sebe nenavazujících chmelnic se odebírá jeden vzorek z každé chmelnice bez ohledu na její výměru. Hloubka odběru činí 40 cm, přičemž se odstraňuje vrchní 10 cm vrstva zeminy. Vzorky se odebírají v řadách rostlin, a to uprostřed mezi jednotlivými rostlinami,
vinice: průměrný vzorek se odebírá ze 2 ha, je třeba přihlížet k půdní vyrovnanosti a terénní členitosti. Na velkých svazích a při značné půdní nevyrovnanosti pozemku je třeba plochu na jeden vzorek přiměřeně zmenšit. Vzorek má být odebrán z plochy vysázené jednou odrůdou. U samostatných vinohradů, menších než jeden ha, se odebírá průměrný vzorek bez ohledu na výměru. Terasy se rozdělí na spodní a vrchní část a z každé části se odebere samostatný vzorek z důvodu pravděpodobné rozdílnosti obsahu přístupných živin. Z úzkých a dlouhých teras je možno odebrat jeden průměrný vzorek v případě, že půdní poměry jsou přibližně stejné a porost révy je vyrovnaný. Dílčí vzorky se odebírají v řadách rostlin, a to uprostřed mezi jednotlivými rostlinami. Vzorky se odebírají odděleně z profilu 0-30 a 30-60 cm, tzn., že po odebrání zeminy z vrstvy 0-30 cm se rýčem odstraní tato vrstva a ze dna vzniklé jamky se odebere vrstva 30-60 cm,
ovocné sady: průměrná velikost plochy pro odběr jednoho půdního vzorku činí 3 ha, přičemž je nutno brát v úvahu vyrovnanost půdy a terénní členitost. Dílčí vzorky se odebírají v řadách stromů (keřů), a to uprostřed vzdálenosti mezi nimi. Hloubka odběru činí 30 cm.
Odebrané vzorky se skladují výhradně v papírových sáčcích, které se předem označí
názvem zemědělského podniku a číslem vzorku.
Vzorky se v průběhu a po ukončení odběru ukládají na vhodném místě k sušení. Při sušení se sáčky otevřou, aby k zemině měl dostatečný přístup vzduch. Vzorky se nesuší v blízkosti jakéhokoli zdroje tepla nebo na místech vystavených přímému slunečnímu záření.