Orgány jsou tvořeny soubory pletiv sestavených tak, aby mohly co nejlépe plnit svoji funkci. Studiem rostlinných orgánů se zabývá organologie. U každého z vegetativních orgánů (kořen, stonek, list) a generativních orgánů (květ, semeno, plod) semenných rostlin se budeme zabývat jeho vnitřní stavbou (anatomií) a také vnějším tvarem (morfologií).
Orgány, které se zakládají zákonitým způsobem (např. pupeny v úžlabí listů), označujeme jako normální; orgány, objevující se nahodile na různých místech těla rostliny pak označujeme jako adventivní (náhradní, pomocné, přídatné) - např. pupeny na kořenech apod. Mění-li se funkčně nějaký orgán a této změně se přizpůsobí i vnější a vnitřní stavba, hovoříme o metamorfóze (přeměně) orgánu - např. zásobní kořeny, kořenové hlízy apod.
Další pojmy související s jednotlivými orgány budou postupně vysvětleny v jednotlivých podkapitolách.