Stonek je kryt, podobně jako kořen, jednovrstevnou pokožkou - epidermis. Buňky epidermis jsou těsně k sobě přilehlé, protáhlé ve směru podélné osy a kryté kutikulou. Neobsahují chloroplasty, mezi buňkami většinou nejsou interceluláry. Průduchy jsou v pokožce stonku méně časté než je tomu u listů, hojné jsou trichomy a emergence.
U stonků, v nichž vodivá pletiva tvoří kompaktní válec, rozlišujeme pod epidermis vrstvu primární kůry, která má ochrannou, mechanickou, zásobní a někdy i asimilační funkci. Je tvořena převážně parenchymatickým pletivem, často bohatým na škrob. Vnější vrstvy primární kůry mohou být tvořeny i mechanickými pletivy, zvláště kolenchymem. Potom hovoříme o tzv. hypodermis (exodermis primární kůry). Vnitřní vrstva primární kůry - endodermis - může podobně jako v kořenech vytvářet Casparyho proužky (CP), obsahující suberin a lignin (např. u bylinných druhů krytosemenných rostlin, nejčastěji v oddencích; nadzemní stonky dvouděložných a nahosemenných rostlin CP nemají). V mladých stoncích krytosemenných rostlin může být endodermis vyvinuta jako vrstva s vysokým obsahem škrobu, hovoříme potom o tzv. škrobové pochvě.
Mezi primární kůrou a lýkem svazků cévních se často tvoří souvislý nebo přerušovaný prstenec ze sklerenchymatických vláken, označovaný jako pericykl. Má podobně jako kořenové perikambium charakter latentního meristému, v němž může vznikat následné kambium a felogén a často se v něm tvoří adventivní kořeny.
Ve stoncích rostlin se vyskytuje několik typů svazků cévních. Jsou to především kolaterální, dále bikolaterální a oba typy koncentrických svazků cévních.
Obrázek: Schéma cévních svazků ve stonku, L = lýková část, D = dřevní část.Dřeň, vyplňující střed stonku, bývá většinou parenchymatická, různého tvaru. Může obsahovat chloroplasty, amyloplasty, hojné jsou třísloviny, mléčnice a sekreční kanálky. U mnoha druhů vzniká v internodiích uvnitř dřeně dřeňová dutina. Radiálně ze dřeně vybíhá mezi svazky cévní mezisvazkový parenchym, jehož pruhy tvoří mezi svazky cévními dřeňové paprsky.
Obrázek: Schéma primární stavby stonkuAnatomická stavba primárních stonků se liší v závislosti na typu rostliny. Je rozdílná u jednoděložných rostlin a dvouděložných a nahosemenných rostlin.
Anatomická stavba stonků na příčném řezu je poměrně jednoduchá. Povrch stonku kryje pokožka - epidermis. Pod ní může být sklerenchymatický pruh, který plní mechanickou funkci. Vnitřní část vyplňuje nerozlišený základní parenchym, v němž jsou svazky cévní kolaterální uzavřené. Ty jsou v základním parenchymu plných stonků roztroušené (viz. obrázek výše) nebo u trav s velkou rhexigenní dutinou, kde pletiva jsou omezena jen na tenkou vnější část, jsou minimálně ve dvou kruzích. Kolem svazků cévních jsou více či méně silné sklerenchymatické pochvy.
Na povrchu těchto stonků je opět pokožka - epidermis. Pod ní se nachází vrstva primární kůry, která může být rozlišena na tři části. Vnější část primární kůry - hypodermis (exodermis) je často kolenchymatická a má mechanickou funkci. Střední nejsilnější parenchymatická vrstva primární kůry - mezodermis má především funkci fotosyntetickou a vnitřní vrstva - endodermis není výrazně morfologicky odlišena (na rozdíl od kořene). Netvoří se v ní většinou Casparyho proužky, liší se především fyziologickou funkcí a označuje se jako škrobová pochva.
Pod endodermis se vyvíjí pericykl. Na rozdíl od kořene zahrnuje přerušovaný nebo souvislý pruh sklerenchymatického pletiva a potom pruh meristematických buněk, které mají vlastní funkci latentního meristému. Sklerenchymatický pericykl tvoří mechanickou pochvu stonku, která jej vyztužuje. Zvlášť silně se vyvíjí u lián s dlouhými internodii. Svazky cévní primárních stonků jsou většinou kolaterální otevřené. U rostlin některých čeledí jsou bikolaterální. V obou případech jsou svazky cévní uspořádány v jednom kruhu (viz obrázek výše). Mezi svazky cévními jsou pruhy parenchymatického pletiva - dřeňové paprsky, které vybíhají ze dřeně uprostřed stonku.
Ve stoncích se protofloém zakládá exarchně, ale protoxylém endarchně.
K propojení radiálních svazků cévních kořene a kolaterálních svazků cévních stonku probíhá v hypokotylu (podděložním článku). Zde dojde k postupnému rozštěpení radiálních svazků cévních, k jejich rozestoupení, otočení dřevní části svazku cévního o 180o a připojení k vnitřní části lýka. Z tohoto důvodu se exarchně založený protoxylém v kořeni změní v endarchní ve stonku. Lýkové části svazků cévních se pouze rozštěpí a rozestoupí, jinak svoji polohu nemění.
Obrázek: Schéma propojení vodivých pletiv dřeva a lýka z kořene do stonku
V oddencích kapradin, stejně jako v listech, se v základním parenchymu vyskytují svazky cévní koncentrické dřevostředné. Kolem nich se vytváří endodermální pochva. Pod pokožkou a v základním parenchymu oddenků jsou sklerenchymatické pruhy.
Pro oddenky jednoděložných rostlin jsou typické svazky cévní koncentrické lýkostředné. Vyskytují se v parenchymu pod endodermis (konvalinka) nebo i v primární kůře (pýr). U trav se pak v parenchymu pod endodermis vyskytují svazky cévní kolaterální uzavřené, jak je ve stoncích jednoděložných rostlin obvyklé.
Mikroskopické preparáty pro primární stavbu stonku byly připravovány z dostupného materiálu - oddenků kapradin a jednoděložných rostlin a stonků rostlin. V některých případech byla pro zvýraznění struktur použita barviva. Postup přípravy a barvení je popsán u každého preparátu.
Příčný řez stonkem kukuřice seté příprava preparátu Příčný řez jednoletým stonkem podražce velkolistého příprava preparátu Příčný řez stonkem tykve obecné příprava preparátu Příčný řez řapíkem kapradiny hasivky orličí příprava preparátu Příčný řez oddenkem konvalinky vonné příprava preparátu Příčný řez oddenkem pýru plazivého příprava preparátu