Stonek spolu s listy, do nichž ze stonku vstupují svazky cévní, tvoří tzv. prýt. Na stoncích obyčejně můžeme rozlišit nody (uzliny), kde přisedají listy, a internodia (články), tj. úseky stonku mezi listy po sobě následujícími. Pokud se internodia nevyvíjí, listy vytvářejí tzv. listovou růžici. Naopak u lián jsou internodia velmi dlouhá a stonky se udržují opory pomocí úponek, trnů nebo se okolo opory ovíjejí.
Rozlišujeme několik typů stonku. Stvol je bezlistý stonek nesoucí květ (květy), vzniklý prodloužením jediného internodia pod květem. Stonek trav nazýváme stéblem, nody označujeme jako tzv. kolénka a stéblo bývá v článcích až na výjimky duté. Typicky bylinný stonek nazýváme lodyha, zdřevnatělý hlavní stonek dřevin označujeme jako kmen (zde je sekundárním tloustnutím zakryto rozdělení na nody a internodia). U některých dřevin jsou časté větévky se zkrácenými internodii, tzv. brachyblasty. Způsob postavení listů na stonku souvisí s množstvím přirozených inhibičních látek v těle rostliny, čímž je určena i délka internodií. O postavení listů na stonku bude pojednáno v kapitole Listy.
Vzrostný vrchol stonku vykazuje tzv. apikální dominanci nad pupeny v úžlabí listů. Vrchol tak zadržuje růst postranních větví, tvořených z axilárních pupenů. U rostlin je však různý stupeň apikální dominance, s čímž souvisí také větvení stonků. Stupeň větvení závisí na vzájemném poměru fytohormonů, které apikální dominanci zesilují (auxiny) a zeslabují (cytokininy). Proto odříznutí vrcholu, v němž se tvoří auxin, vede k rozvětveni stonku, čehož se využívá v řezu ovocných dřevin.
Rozlišujeme několik typů větvení stonku: dichotomické, monopodiální a sympodiální.
Dichotomie je fylogeneticky nejstarší typ větvení, vidličnaté, které není vázáno na vývin listů a vyskytuje se u řas, játrovek, plavuní apod.
U vyšších rostlin vznikají postranní větve z úžlabních listových nebo děložních pupenů. Monopodium je typ větvení, při němž zůstává silná apikální dominance terminálního pupene, který pokračuje v růstu a omezuje vývin postranních větví. Tento typ větvení je typický pro nahosemenné rostliny a vyskytuje se u některých dřevin s jehnědami (olše, habr).
Naopak sympodium je charakteristické zeslabenou apikální dominancí, takže postranní větve nabývají převahy nad hlavním stonkem. Látky inhibiční povahy často vedou k odumření terminálního pupene, který je nahrazen axilárním pupenem, pokračujícím v růstu hlavního stonku. Tento typ větvení označujeme jako monochazium, je vázáno na střídavé postavení listů a je typické např. pro lípu nebo vinnou révu. V případě vstřícného postavení listů rostou po odumření terminálu oba pupeny stojící vedle sebe, což vede k vidličnatému rozvětvení, připomínající dichotomii. Tento typ větvení je známý pod názvem dichazium a je charakteristický např. pro šeřík.
Obrázek: Typy větvení stonkuBohatší větvení u sympodia oproti monopodiu souvisí s poklesem auxinů a je spojeno s vyšším sklonem k tvorbě květů. Zkrácením letorostů v ovocnářství je podpořena plodnost ovocných dřevin uměle vyvolaným vznikem sympodiálního větvení.
Mladé stonky, které v sobě uzavírají vegetační vrchol a základy listů, zpravidla chráněné šupinami, označujeme jako pupeny. Pupeny můžeme rozdělit do několika skupin:
Normální pupeny:
Adventivní (nahodilé) pupeny vznikají endogenně na kterékoliv části rostlinného těla, zpravidla v perikambiu kořenů nebo pericyklu stonků. Vznikají i po poranění z endogenního kalusu, u některých rostlin vznikají na listech (listových řízcích) nebo na intaktních rostlinách jako marginály (okrajové pupeny).