Kořeny mohou v průběhu fylogenetického vývoje měnit svou funkci, čemuž pak odpovídá i jejich změněný tvar a vnitřní stavba.
Nejvýznamnějšími metamorfózami kořene jsou kořenové hlízy, které převzaly funkci zásobní (např. batáty - Ipomoea batatas, orsej - Ficaria bulbifera apod.). Účastní-li se na tvorbě hlízy i část stonku (hypokotyl), vzniká zásobní orgán typický pro řepu (bulva), mrkev apod.
Asimilační kořeny přejímají funkci listů, např. u některých epifytických orchidejí. U haluchy vodní a kotvice plovoucí zezelenávají kořeny plovoucí na hladině.
Vzdušné kořeny epifytů slouží především k sání vodních par, někdy mají i asimilační funkci. Známe je u některých pokojových rostlin, pocházejících z tropů (např. Monstera, Philodendron, vanilka - Vanilla apod.).
Chůdovité kořeny slouží k podpoře rostlin na zbahněných nebo sypkých půdách. Časté jsou u rostlin v bahenních pralesích.
V bažinatých půdách můžeme pozorovat i dýchací kořeny (pneumatofory), které ční kolmo z půdy nebo bahna a čerpají kyslík (např. tisovec dvouřadý - Taxodium distichum).
Příčepivé kořeny slouží některým rostlinám k přichycování k podkladu (např. břečťan popínavý - Hedera helix).
U parazitů se vyskytují tzv. haustoria, která z těla hostitele čerpají vodu s minerálními látkami i asimiláty vedené lýkem (např. kokotice). Naproti tomu poloparazité vytvářejí tzv. pohružovací kořeny, které jsou přiloženy ve stonku hostitele k elementům dřeva, z nichž čerpají pouze vodu s minerálními látkami (např. jmelí a ochmet).
Kontraktilní (stahovací) kořeny jsou časté u dvouděložných i jednoděložných rostlin. Báze prýtu je kontrakcí kořene stažena k povrchu nebo pod povrch půdy a tak vzniknou optimální podmínky pro vznik adventivních kořenů (např. cibule jednoděložných rostlin, vojtěška, řepa apod.)